Suomen Luther-säätiön perustamiskokous pidettiin 24.10.1999 Espoossa. Sen perusti yli sata yksityishenkilöä työvälineeksi, jotta voitaisiin rakentaa luterilaisia jumalanpalvelusseurakuntia. Piispa Olavi Rimpiläinen vihki Juhana Pohjolan papiksi joulukuussa 1999 Luther-säätiön palvelukseen. Ensimmäinen seurakunta aloittikin toimintansa Helsingissä elokuussa 2000. Se järjestäytyi 2003 Markus-yhteisöksi.
Uusia seurakuntia on syntynyt eri puolille Suomea vuosittain. Ne ovat yleensä käynnistyneet siten, että Luther-säätiötä on pyydetty paikkakunnalla aloittamaan jumalanpalvelukset. Jumalanpalvelusten vakiinnuttua yhteisöt ovat järjestäytyneet ja saanet oman nimen.
Kasvavaan tarpeeseen on tarvittu myös uusia paimenia. Sen jälkeen kun Suomen ev.lut. kirkossa perinteiseen virkakäsitykseen pitäytyviä ei vihitty enää papeiksi, Luther-säätiö liittyi 2004 tukijäseneksi Missionsprovinsen i Sverige. Tämän jälkeen työntekijöiden ja seurakuntien määrä kasvoi nopeasti. Missionsprovinsenin järjestämissä pappisvihkimyksissä 2005–2009 vihittiin Ruotsissa kahdeksan pappia.
Luther-säätiön työn kasvaessa hankittiin keräysvaroin 2008 toimitilat Helsingistä. Koinonia nimen saaneessa toimitilassa sijaitsee Luther-säätiön toimisto, jossa työskentelevät säätiön dekaani ja tiedotussihteeri.
Uusi vaihe työssä koitti, kun TT Matti Väisänen vihittiin 2010 Missionsprovinsenin piispaksi Suomessa. Hän vihki sen jälkeen 12 pappia Luther-säätiön jumalanpalvelusverkostoa varten. Vuonna 2011 aloitettiin ruotsinkielinen työ Turussa ja Pietarsaaressa.
Luther-säätiön yhteydessä toimivat 22 seurakuntaa ja niiden paimenet olivat maaliskuussa 2013 perustamassa Suomen evankelis-luterilaista lähetyshiippakuntaa, jonka tukijäseneksi Suomen Luther-säätiö liittyi.